يقال إن يوسف عليه الصلاة والسلام عاش بعد جمع شمله مع أهله ثلاثا وعشرين سنة، وقيل: عاش مائة وعشر سنوات. وكانت وفاته بعد مولد جده إبراهيم عليه السلام بإحدى وستين وثلاثمائة سنة.
ويروى أن يوسف عليه السلام أوصى أن يحمل جسده إذا مات من مصر ويدفن عند ءابائه، فحمله موسى عليه السلام لما خرج ببني إسرائيل، روى البيهقي أن رسول الله صلى الله عليه وسلم قال: "ما قُبض نبيٌّ إلا دُفِنَ حيث قُبِض".
روى ابن حبان وصححه أن موسى عليه السلام عند خروجه من مصر إلى الشام اهتدى للمكان الذي دفن فيه يوسف فأخرجه فحمل عظامه أي جثته إلى الشام فدفنه في الشام، وليس المراد بالعظام أن التراب كان أكل جلده ولحمه بل هذا تعبير من باب إطلاق الجزء وإرادة الكل كما قال الشاعر في رثاء طلحة الطَّلَحَات:
رحم الله أعظمًا دفنوها **** بسِجِسْتَان طلحة الطلحاتِ
فإن طلحة حين دفن دفن كما هو.